中藥指紋圖譜按應用對象分類，根據中藥指紋圖譜可用于中藥制劑研究、生過程的各個階段，可分為中藥材(原料藥材)指紋圖譜、中藥原料藥(包括飲片配伍顆粒)指紋圖譜和中藥制劑指紋圖譜。如分得更細，還可包括用于工藝過程中間產物的指紋圖譜。兩種中藥原料藥指紋圖譜應區別對待。對中藥竹指紋圖譜的要求基本和中藥材指紋圖譜相同。對中藥配伍顆粒(包括標準提.指紋圖譜應要求高一點。

隨著現代科技技術的發展而發展，中藥指紋圖譜研究所采用的方法大致分為:

色譜法:薄層色譜法 (TLC) 、液相色譜法 (LC) 、氣相色譜法 (GC) 、高效毛細管電泳法 (CE) ;

光譜法:紫外光譜法(UV) 、紅外光譜法 (IR) 、近紅外光譜法 (NIR) : 核磁共振法 (MR) 等。

色譜聯用技術:將色譜良好的分離能力與光譜或波譜特有的結構鑒別能力相結合并借助近年來發展起來的化學計量學技術和己有的光譜波譜標準庫，是完全可能對大部分中藥的化學成分進行定性和相對定量分析的。目前色譜光譜聯用技術如:GC-MS 、HPLC-MS已經在中藥指紋指紋圖譜研究領域內獲得了一定的成功。